Sjöar och vattendrag är jämte skog och odlingslandskap viktiga ekosystem i kommunen. De är viktiga för den biologiska mångfalden såväl som för mängd olika mänskliga verksamheter.
Två generella vattenvårdsproblem är tydliga i Borlänge kommun. Dessa är försurning och övergödning. Försurning är ett problem främst i de skogsbelägna sjöarna meda vissa slättsjöar har problem med övergödning. Tillsammans med andra aktörer sker provtagning och övervakning av vattenkvaliteten på flera olika punkter i sjösystemen. Borlänge kommun är medlem i Dalälvens Vattenvårdsförening vars hemsida kan nås via länken till höger.
EU:s ramdirektiv för vatten (2000/60/EG), även kallat vattendirektivet, trädde i kraft i december 2000 och infördes i svensk lagstiftning 2004. Direktivets syfte är att genom en gemensam lagstiftning förbättra miljöarbetet relaterat till sjöar, vattendrag, kustvatten och grundvatten. Tillämpningen av direktivet innebär att de vatten som ingår i förvaltningsarbetet ska nå god status senast år 2015 och att inga av dessa vattenförekomster får försämras.